明朝内阁制和清朝军机处说白了都是皇帝为了掌控朝廷而设立的机构，是老大与大臣们之间的缓冲地带，或者说是皇帝的内朝制约外朝的机构。皇帝也不容易，既要干好本职工作，又要时时防范下面人的不轨，于是就有了这么个机构，对维护皇权和国家管理方面起到了一定的作用。明清内阁制和军机处，都是皇帝专制的极端产物，但二者也存在着不同点。

明朝内阁制强化了君主专制制度。内阁制度随着皇权的高度强化而建立，权力的来源，由君主所授予，对君权的制约作用有限。事无大小，内阁都要秉承君主的旨意行事，遂成为君主加强专制的工具，因此明代的君主专制比前代尤甚，助长了君主专制，形成了内外朝相互制约的体制。

明朝初期是延续以前设有丞相的，自从胡惟庸涉嫌谋反被处死之后，朱元璋便不再设丞相之位，担心大臣专权，威胁到皇权和社稷根本，贻害天下苍生。但以一人之力，日理万机，也实在不堪其苦。无奈，朱元璋置华盖殿、谨身殿、武英殿、文华殿、文渊殿、东阁等大学士，作为皇帝身边的顾问，帮助处理政事。这就是内阁制的雏形，入阁的大学士官级并不高。

朱棣即位后不愿信任前朝旧臣，在明太祖的基础上专设内阁，备有大学士数名，任用亲信佐理政务，与外朝的六部相抗衡。内阁大学士核签奏章，票拟敕旨，讲论经史，辅佐皇帝处理政务，但其本身官阶不过五品，远在各部尚书、侍郎之下，资望亦甚浅薄。明朝中期以后，内阁大学士地位日益尊崇，入阁学士均出身翰林，且兼任各部尚书或侍郎，加官至一品，事实与宰相无异，六部尚书也得俯首听命。凡事都有利弊，内阁制也不例外。

明武宗朱厚照所行之事被认为多荒谬不经。但有杨廷和等阁老撑着，未成大乱。明世宗朱厚璁的嘉靖时，改华盖殿为中极殿，谨身殿为建极殿，将大学士的朝位班次，列在六部尚书之前，地位再一次提高。明代的内阁大学士虽无宰相之名，此时已经是实有宰相之权。因此，就出现了内阁大学士张居正以大学士身份主理朝政十年，也有嘉靖二十一年，权臣严嵩任武英殿大学士后，专擅朝政二十余年。

明内阁此后权力愈大、地位渐高，与前朝丞相无异。在一定程度上也威胁到皇权。因此，清朝初期虽沿用内阁制，大学土仍有草拟诏旨之责，且品级又升为正一品，勋高位极，实权却大不如前，几乎名同虚设，以至官拜大学士成了明升暗降或赐恩养老的方法。到了清朝雍正七年因用兵西北而设立军机处。军机处是清朝官署名，也称“军机房”、“总理处”。雍正帝以内阁在太和门外，隆宗门内设置军机房，辅佐皇帝处理政务。

军机处由三四品以上大臣充任军机大臣，随侍皇帝左右，直接听命于皇帝，草拟文件，处理政务。因直接听命于皇帝，省去了许多中间环节，处理政务迅速而机密。但是军机处没有独立性，既无官署，亦无专官，更无属吏，不是一个独立正式的衙门。军机大臣绝对听命于皇帝，没有丝毫独立行动和决策的权力。因此，军机处不会脱离皇帝的控制，只是便于皇帝掌握实权。这种制度一直为此后历代皇帝所沿用，直到清朝末代皇帝爱新觉罗·傅仪结束。

明朝内阁制与清朝军机处的不同点：一、明朝的内阁有“票拟”的权力，而清朝的军机处则没有。二、明朝的内阁大臣都是专职官员，没有固定的数额，也没有固定的任期。清朝军机处的军机大臣和军机章京都不是固定官职而是兼职。三、明朝内阁的票拟必须与司礼监合作行使决策权，皇帝实际的决策权大大减弱。清朝的历代皇帝都严禁宦官参议朝政，始终把决策大权牢牢掌握在自己手中，军机处没有任何机会取得外援从而参与决策。