晚明士人反思程朱理学的原因是多层次的，他们不约而同地指出，程朱理学作为科举制义的惟一定准，造成了学问的荒疏、士风的浇漓，加上晚明国势日颓，需要新的学问来改变这一局面。钱谦益作为当时名重一时的人物，积极倡导复古，我们在理解其复古因由的时候，必须借用“网络”的视野加以关照，这个“网络”囊括了吴中的文人网络以及晚明的复社网络，前者是纯文学性的团体，而后者则是政治性的团体。

二程夫子画像

复兴汉、唐注疏之学

明代中后期，士人为摆落宋明理学的拘执，曾掀起一股复兴古学的风势，其中有一个重要的层面是尊经复古，崇尚汉、唐注疏之学。杨慎认为，应恢复汉、唐注疏，鄙薄宋人解经之书乃“议论”，批评近世学者舍传注疏的解释去读宋儒的议论，“盖不知议论之学自传注疏释出，特更作正大高明之论尔”，并举出诸多的例证来说明古注“不可轻易”。王鏊肯定郑玄的笺注训释之功，并以为“宋儒性理之学行，汉儒之说尽废，然其间有不可得而废者”。郑晓指出，宋儒取资汉儒，而在经书传注上远不及汉儒，“宋儒议汉儒太过，近世又信宋儒太过”，古注疏终不可废。到了晚明，钱谦益绍续这股复兴古学的风势，一直坚持尊经复古的思想，批判宋明理学，而推崇古经与汉、唐注疏之学。他对理学对明朝的影响有着十分清楚的认识：

自儒林、道学之歧分，而经义、帖括之业盛，经术之传，漫非古昔。然而胜国国初之儒者，其旧学犹在，而先民之流风余韵犹未泯也。正、嘉以还，以剿袭传讹相师，而士以通经为迁。万历之季，以缪妄无稽相夸，而士以读书为讳。驯至于今，俗学晦蒙，缪种胶结，胥天下为夷言鬼语，而不知其所从来。

《宋史》专门列出《道学传》，使其与《儒林传》两分，明代科举制义又以程朱理学为正统。钱氏对这两个方面大为不满，在他看来，正是这种缘由，使得“经术之传，漫非古昔”，明代中后期经学淡漠、学风衰败，“士以通经为迁”“士以读书为讳”，一直影响到如今，以至“俗学晦蒙，缪种胶结”。他继续批评儒林与道学两分，对注疏之学的不良影响：

儒林与道学分，而古人传注、笺解、义疏之学转相讲述者，无复遗种。此亦古今经术升降绝续之大端也。经学之熄也，降而为经义，道学之偷也，流而为俗学。

又说：

自儒林、道学之术分歧于儒家，而古学一变，自江门、姚江之学侧出于经术，而古学再变。于是乎封蔀之以制科之帖括，瀹乱之以剽贼之词章，举世胥变为俗学，而江河之流不可复返矣。

陈献章、王阳明为明代心学大儒，在钱氏看来，儒林、道学两分之后，二人乃“侧出于经术”，可见，钱谦益不单单是针对宋代理学，亦对明代的陈献章、王阳明之心学亦持批判的态度，并意识到宋明理学带来的流弊。他将经义流为帖括、道学流为语录批为俗学：

夫今世学者，师法之不古，盖已久矣。经义之弊，流而为帖括，道学之弊，流而为语录。是二者，源流不同，皆所谓俗学也。俗学之弊，能使人穷经而不知经，学古而不知古，穷老尽气。

钱氏认为，经学之荒芜、衰败，风习之俗陋、鄙薄，与儒林、道学两分以及明代的科举制义有莫大的关联。元代官修《宋史》，与以往官史十分不同，专列《道学传》，置于《儒林传》之前，目的在于表彰道学，以程朱理学为道统，故分别为二程、朱熹及其门人单独立传。明代官修《元史》虽不因袭元代的这一做法，但于科举制义上，仍然以程朱理学为正统，行八股文，永乐时期颁令《五经大全》《四书大全》及《性理大全》，成为科举遵用的统一范本，将程朱理学定为一尊。可是到了明季，科举制义愈发引起士人的不满，并将之视为经学之大害。