明代洪武元年（1368年），福建全省八路改为八府，即：福州、建宁、延平、邵武、兴化、泉州、漳州、汀州八府。
明成化九年（1473年），恢复被废为县的福宁州，直隶于布政司，合计“八府一州”。
明代 福建承宣布政使司
清顺治二年（1645年）五月，清兵攻下南京，南明弘光皇帝朱由崧被虏杀。
六月，朱聿键在福州即皇帝位，建元隆武，改福建为福京、福州为天兴府。
翌年（1646年），隆武政权覆灭。清代在福建设置闽浙总督和福建巡抚。
清初，福建省下辖有福州、兴化、泉州、漳州、延平、建宁、邵武、汀州八府。康熙二十三年（1684年）增设台湾府。
清代 福建省（一）
至光绪十二年（1886年），由福建省中分出，台湾府设省。
至清末，福建有九府二州、五十八县、六厅。
清代 福建省（二）
明代统治者多次在福建沿海实施严厉的海禁，二百年的海禁，极大遏制了福建的发展。
清初朝廷在福建沿海进行海禁，为断绝沿海人民与郑成功联系。至清政府统一台湾后，才准许商民出海贸易。
福建对外贸易转至以厦门为中心，漳州、泉州为两翼。航船到东南亚的最多，冬去夏回。
明清福建海外交通
明乳白釉文昌坐像
福建各府百分之七十左右的书院，各县大部份书院都是新修建的。
据不完整统计，清代，福建书院约有300余所。
明代，闽北建阳的“麻沙版”享誉内外，成为全国印刷四大中心之一。
清代，连城四堡的书坊异军突起，成为与北京、扬州、杭州齐名的中国四大印刷基地之一。
四堡雕版印刷工具
连城的四堡书坊建筑群
这时期的福建文化与全国乃至周边的世界都有密切的关系：
从郑和下西洋到中国人移居东南亚，从海禁政策到倭寇问题，从反抗殖民侵略到收复经营台湾，凡中国沿海发生的重大历史事件多与福建有关。