人在早起时供应大脑的肝糖耗尽，这时吃水果可以尽快补充糖份，使人精力充沛。早上空腹吃苹果，还可以治疗慢性腹泻和大便干燥，因为苹果中的鞣酸、有机酸等物质具有收敛作用，而果胶、纤维素具有吸收细菌毒素的作用。同时，苹果中所含的纤维素和有机酸能够促进肠胃蠕动的作用，帮助消化，从而达到通便的效果，空腹吃完苹果没的多久就会有便意。
但对于两种特殊人群而言，吃苹果就有讲究：一类是有胃肠道疾病的人，一般要求戒冷食，而在早上空腹吃苹果可能会引起胃的不适，建议在用餐2小时后或睡前吃苹果。另一类是有糖尿病者或者血糖波动较大者，尤其不能空腹食用苹果，因为苹果中含有一定量的糖分，并且主要是单糖，胃肠的吸收效率高，空腹吃容易引起血糖升高。所以糖尿病患者最好在睡前食用苹果，而且量不可过多，每天150～200克即可。
不过，吃苹果一定不要饭后马上吃，因为饭后吃水果会造成食物堆积在胃中，难以排出，然后就会出现胀气，便秘等症状。而且，苹果中的鞣酸和蛋白质还会结合生成不易消化的鞣酸蛋白质，加剧肠胃发胀。所以，饭后一定不要马上吃苹果，最好隔两个小时后再吃。
此外，吃苹果不要啃太狠，苹果就是一个宝，就连可能有农药残留的果皮也具有极好的养生功效。但除了一个部位，那就是果核。澳大利亚研究人员发现，苹果核含有少量有害物质——氢氰酸。氢氰酸大量沉积在身体，会导致头晕、头痛、呼吸速率加快等症状，严重时可能出现昏迷。