雅鲁藏布江下游海拔高度相差大，气温变化大，鱼类主要集中在墨脱江段及支流。鱼类的丰富程度较中游高，怒澜区的鲃、华鲮、墨头鱼都有分布。优势鱼种为鮡科鱼类。主要鱼类有黄斑褶鮡、全唇裂腹鱼、弧唇裂腹鱼、墨脱裂腹鱼、墨脱纹胸鮡、平唇鮡、墨脱阿波鳅、西藏墨头鱼、墨脱四须鲃、藏鰋、墨脱华鲮、黑斑原鮡、高山鲫等。
雅鲁藏布江支流主要分布于中游高海拔区，鱼类主要有异齿裂腹鱼、拉萨裂腹鱼、尖裸鲤、、拉萨裸裂尻、双须叶须鱼，细尾高原鳅、黑斑原鮡；拉萨裸裂尻鱼为杂食性，尖裸鲤为肉食性。
雅鲁藏布江部分鱼类推介
1、墨脱四须鲃
俗称绿鳞鱼，是鲤科—鲃亚科—四须鲃属鱼类，和军鱼、云南结鱼近似，裂腹鱼其实也是由鲃亚科鱼类进化而来，说明鲃亚科鱼类具有从热带区朝青藏高原进化的趋向，墨脱四须鲃分布于雅鲁藏布江下游，以产地墨脱命名，但在缅甸伊洛瓦底江也有分布。外观特征和保山四须鲃相同，但躯体背缘隆起更显著，尾鳍有深分叉，体色灰青，每片鳞的前缘为深黑，渐次变浅，是适应雅鲁藏布江河底环境进化的结果。此鱼能长到90厘米，重12斤，是产区重要的经济食用鱼。
墨脱四须鲃
2、墨脱墨头鱼
墨头鱼常见于云南、广西、四川等地区，当地人叫癞头鱼，四川雅称东坡鱼，身体呈棒状。
墨脱墨头鱼 摄影/ 谢罡
3、裂腹鱼
雅鲁藏布江的裂腹鱼亚科种类在全国最多，很多是特有种，雅鲁藏布江的裂腹鱼亚科分为裂腹鱼属、裸裂尻属、叶须鱼属、裸鲤属4个属，其他地区的裂腹鱼多为裂腹鱼属。这些裂腹鱼中，巨须裂腹鱼俗称胡子鱼；拉萨裂腹鱼的嘴为尖长形，被称为尖嘴鱼；双须裂腹鱼鳞片更密集，须较短，被俗称为花鱼；拉萨裸裂尻俗称土鱼；尖裸鲤俗称白鱼；异齿裂腹鱼俗称棒棒鱼。